Se considera como el nacimiento de la Prefectura
Naval Argentina el día 30 de junio de 1810, ya que en esa fecha y mediante un decreto de la Primera Junta de Gobierno, se designa al frente de la primera Capitanía de Puerto de las Provincias Unidas del Rio de la Plata a Martín Jacobo Thompson, quien por entonces era alférez de fragata de la Armada Real Española y que llegara luego a Coronel de Marina en 1815.
Se trata de la principal fuerza de seguridad naval del país. Actúa bajo la jurisdicción del Ministerio de Seguridad, protegiendo todas las vías de navegación interiores y exteriores de Argentina.
Su tarea consiste en garantizar la navegación y las vidas humanas, así como los derechos y las obligaciones de aquellos cuyo oficio está relacionado con el mar o las actividades portuarias.
Se encarga de tareas como el registro de buques y control de condiciones de seguridad atendiendo a las leyes del país y los acuerdos internacionales.
La Prefectura Naval Argentina
Es la autoridad marítima en Argentina, con competencias policiales y administrativas equiparables a la guardia costera en otros países.
Se encarga de proteger todas las vías navegables interiores y del mar Argentino, con el deber de garantizar la navegación y las vidas humanas. La institución cuenta con Buques Guardacostas, Aviación, Salvamento, Incendio y Protección Ambiental, Practicaje, Pilotaje y Baquía, Religioso, Agrupación “Albatros”, Agrupación “Guardacostas” y la Dirección de Inteligencia Criminal.
De acuerdo a la Ley general 18.398 (art. 4), la Prefectura Naval Argentina actúa en Mares, ríos, lagos, canales y demás aguas navegables de la Nación que sirvan al tránsito y comercio interjurisdiccional, y en los puertos sometidos a jurisdicción nacional; en la Antártida Argentina, Islas Malvinas y demás islas del Atlántico Sur; en las costas y playas marítimas, así como en los ríos, lagos, canales y demás aguas navegables, en cuanto se relacione con el ejercicio de la policía de seguridad de la navegación.
También ejerce competencia a bordo de buques en aguas argentinas y en los de bandera argentina que se encuentren en mar libre. No se encuentra del todo clara la división de competencias con la Armada Argentina respecto a la vigilancia de la Zona Económica Exclusiva (ZEE). Generalmente, llega a patrullar hasta 12 millas desde la costa, mientras que la Armada patrulla a partir de las 12 millas.